Царское правительство уделяло большое внимание возрождению Черноморского флота. Была принята программа, рассчитанная на 20 лет, по которой намечалось построить для него восемь эскадренных броненосцев, два крейсера и 19 миноносцев. В 1890 г. из Николаева в Севастополь переведено все управление Черноморского флота. За непродолжительное время с ноября 1890 г. по февраль 1892 г. количество кораблей увеличилось с 33 до 56. Накануне 1 Мировой войны Черноморский флот имел уже до 400 боевых, вспомогательных и транспортных судов.

Одновременно с военным возрождался и коммерческий порт. После открытия железнодорожного движения в Севастополе были сооружены огромные склады для зерна, соли и других грузов. Были периоды, когда в порту работало до 4 тыс. грузчиков. Если в 1875 г. из Севастополя отправлено за границу 575 тыс. пудов различных грузов, то в 1888 г. - 32 млн. пудов.

Одним из крупнейших предприятий города, как и всего Крыма, оставалось адмиралтейство. В 1898 г. здесь трудилось около тысячи человек, в то время как на остальных предприятиях города - всего 265.

Спустя шесть лет после Крымской войны население города составляло 5 тыс. человек, через 19 лет - 11 тыс., через 30 лет - 25 тыс. и только в 1895 г. достигло довоенного уровня.

С 1870 г. в городе начали избирать думу, в состав которой входили представители дворянства и торгово-промышленных кругов (купцы). В 1873 г. создается подчиненное непосредственно таврическому губернатору Севастопольское градоначальство. Градоначальник являлся одновременно командиром порта и комендантом города.

Экономический подъем в стране, вызванный отменой крепостного права и развитием капитализма, оказал заметное влияние на Севастополь. Ускорились темпы возрождения флота, а с ним и города.

В ноябре 1905 г. в Севастополе вспыхнуло вооруженное восстание, в котором приняли участие экипажи 14 боевых кораблей, рабочие порта, солдаты гарнизона. 14 ноября 1905 г. красный флаг взвился на крейсере "Очаков" и в командование соединением кораблей революционного флота вступил лейтенант П.П.Шмидт. Он стал депутатом от рабочих в первом Совете рабочих, солдатских и матросских депутатов, созданном в ноябрьские дни.

Известный русский писатель А.И.Куприн, находившийся в эти дни в Севастополе, стал свидетелем кровавой расправы с революционным крейсером "Очаков". В петербургской газете "Наша жизнь" он опубликовал очерк "События в Севастополе", в котором писал: "Крейсер беззвучно горел, бросая кровавые пятна на черную воду. Больше криков уже не было, хотя мы еще видели людей на носу и на башне. Тут в толпе многое узналось. О том, что в начале пожара предлагали "Очакову" шлюпки, а что матросы отказались. О том, что по катеру с ранеными, отвалившему от "Очакова", стреляли картечью. Что бросавшихся вплавь расстреливали пулеметами. 7 февраля 1906 г. в городе Очакове открылся суд над первой группой (14 человек), в состав которой входили руководители восстания П.Шмидт, А.Антоненко, С.Частник, А.Гладков, все они были приговорены к смертной казни и 19 марта расстреляны на острове Березань.

Вместе с тем в городе накануне 1 Мировой войны наблюдался рост промышленности, который был связан с подготовкой царского правительства к войне. В 1913 г. в Севастопольском градоначальстве насчитывалось 43 небольших фабрики и завода с 4640 рабочими, в том числе в Севастополе 29 предприятия, на которых работало 4456 человек. Население города в 1913г. составляло 61349 человек, а во всем градоначальстве проживало 72710.